Deskriptiv tabell (Baseline, Table 1)

Inom flera områden (medicin, ekonomi, etc) behövs en inledande beskrivning av studiepopulationen. Sådana beskrivningar brukar utgöra studiens Table 1, vilket är den första tabellen i studien. Produktion av Table 1 är således en del av många studier. För att skapa Table 1 använder vi paketet tableone. Användning av detta paketet är mycket enkelt och visas steg för steg här nedan.

Börja med att aktivera tidyverse, samt installera och aktivera tableone:

# Aktivera tidyverse
library(tidyverse)

# Installera tableone
install.packages("tableone")

# Aktivera tableone
library(tableone)

I detta exempel använder vi Right Heart Catetherization (RHC), som är en klinisk studie. Ladda ner data till R genom nedanstående kommando. Som framgår nedan sparar vi data till objektet rhc.

# Importera data
rhc <- read.csv("https://hbiostat.org/data/repo/rhc.csv", header = TRUE)

Variabelnamnen i en data frame är inte alltid lämpliga för presentation i en rapport. Därför använder vi paketet labelled, vilket gör det möjligt att ge varje variabel en label (etikett), som kan användas i presentationer och rapporter. Installera och aktivera paketet labelled:

install.packages("labelled")
library(labelled)

Från rhc data väljer vi de kolumner (variabler) som skall vara med i Table 1.

BLOCKERAD KOD, BILD ELLER TEXT


Du måste logga in för att komma åt allt material.

Vi fortsätter genom att ge varje variabel en label. Det görs genom följande kod:

BLOCKERAD KOD, BILD ELLER TEXT


Du måste logga in för att komma åt allt material.

Skapa sedan första objektet, som vi kallar results. Funktionen vi använder heter CreateTableOne och den har argumenten vars, strata och data. Vi anger att vars är lika med alla kolumnnamnen i rhc2 (names(rhc2)), och att strata är kolumnen death. Detta kommer ge oss en Table 1 stratifierat på death. Vi specificerar också att data kommer från rhc2.

BLOCKERAD KOD, BILD ELLER TEXT


Du måste logga in för att komma åt allt material.

I nästa steg behöver vi tillämpa funktionen print() på föregående objekt (results). Print används för att styra vilken information som Table 1 skall innehålla. Som framgår här nedan finns en rad inställningar som kan justeras efter tycke och smak.

BLOCKERAD KOD, BILD ELLER TEXT


Du måste logga in för att komma åt allt material.

Resultat